冷战阴影：梅森的回忆与数字电台之谜

1968年2月25日，美国中央情报局SAD/SOG小组的特工阿历克斯·梅森被绑架，审讯者试图从他口中套出关于一座数字电台的具体位置。游戏中的大部分关卡都由梅森的回忆构成，这些回忆揭示了他在冷战时期所经历的一系列事件。

梅森在1961年4月17日，作为代号40的小组成员，参与了美国在猪湾事件中的军事行动。他们的任务是暗杀古巴领导人菲德尔·卡斯特罗。梅森成功杀入卡斯特罗官邸，但随后在逃亡过程中被古巴军队抓获。被释放后，梅森发现自己在一艘名为“水中仙女”的大货轮上，原来他被古巴军队交给了苏联军队指挥官尼基达·德拉格维奇将军。

在苏联的沃尔库塔劳改营，梅森结识了苏联红军老兵维克多·雷泽诺夫，并成为了难友。雷泽诺夫告诉梅森，拷问他的正是德拉格维奇和他的副手列夫·克拉夫钱科上校以及投降苏联的前纳粹德国科学家弗雷德里希·施坦纳。这三人与雷泽诺夫有着深切联系，他们在1945年冬天奉命去北极圈寻找施坦纳。

梅森和CIA特工伍兹在审讯中逃脱，并抢来了苏军直升机，摧毁了敌人的营地和输油管。随后，他们杀到另一处基地，营救了一队被俘的美军，并再次与雷泽诺夫相遇。在一场战斗中，伍兹用匕首刺中了克拉夫钱科，并与其同归于尽。

梅森的同僚哈得逊和威弗尔在香港九龙城寨找到了克拉克博士，并开始拷问他。克拉克供出了施坦纳以及隐藏在亚门图山脉中的一座秘密实验基地。苏联特种部队突袭了克拉克，导致克拉克被杀，哈得逊和威弗尔成功撤退。

斯坦纳破解了哈得逊等人的无线电频率，联系他们并告诉他们，德拉格维奇正在清理所有与“诺娃六号”有关的设施和人员，他自己也将遭殃。斯坦纳告诉他们，只有他知道如何停止广播这组密码，而这组密码将会让德拉格维奇指派潜伏在美国城市里的大量苏联特工接到在城市里释放“诺娃六号”毒气的指示密码。

梅森在越狱后，看到与雷泽诺夫“一同”战斗的影像，其实都是因为痛苦至极的洗脑过程所产生的人格分裂所构成的幻觉。雷泽诺夫在梅森脑中灌输了“德拉格维奇，克拉夫琴科，斯坦纳必须死”的概念，梅森也一一做到了。在审讯中，梅森经常能听到有人在读的奇怪数字，这是德拉格维奇广播的数字。

哈得逊让梅森听了最后一遍数字广播的录音，让梅森在经历了想象与现实的痛苦抉择之后想起了他以前在古巴见过的一条苏联船：“水中仙女”号，并确定那就是数字电台的所在。拂晓时分，一行人随大队乘直升机在古巴附近水域找到了那艘船，并对其发动了攻击。

哈得逊和梅森在突入成功以后，搜查船底时在其下方的水底发现了一座隐藏着的水下电台，它其实也是一座为成功释放毒气后入侵美国本土的苏联潜艇编队所设的补给站。在确认“水中仙女”号就是数字电台后，哈得逊呼叫美国海军在15分钟之内对该船实施打击，但是梅森坚持要继续搜寻并亲手杀死德拉格维奇。

随后二人潜入水中，发现了一座德拉格维奇修建的水下基地，最后两人在水下基地的最底层找到并最终杀死了德拉格维奇，然后安全返回海面。

成功游出水面后，威弗尔宣布了胜利，但梅森还是不敢确定。最后在肯尼迪的影片中居然出现了梅森的身影，其实最诡异的还是溺死德拉格维奇时，梅森质问德拉格维奇在脑中试图植入指令(洗脑)的事情。梅森指责德拉格维奇“试图”给他洗脑让他暗杀自己的总统，最后德拉格维奇死前用反问句非常轻蔑地说“Tried？！”

加上最后一段过场中的女人仍然在广播着数字和梅森出现在肯尼迪遇刺的照片里，事实上肯尼迪遇刺案发生于1963年11月22日星期五下午12:30，正是梅森回到美国本土之后。因为剧情有一个五年的空缺，五年间发生了什么没人知道，由此可知于五年前刺杀肯尼迪的可能正是梅森，而梅森此时大脑相当混乱，可能没意识到已经杀了肯尼迪，故事结束。

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